我院研究生教育始于1988年，1993年起先后获劳动卫生与环境卫生学、卫生毒理学（1998）、儿少卫生与妇幼保健学（2000）、流行病学与卫生统计学（2006）、营养与食品卫生学（2006）硕士学位授权点；2010年获公共卫生与预防医学一级学科硕士学位授权点和公共卫生专业硕士学位授权点。2003年开始招收基础医学地方病病理学方向博士研究生，2012年获基础医学目录外毒理学二级学科博士点、公共卫生与预防医学目录外社会医学与卫生事业管理学二级学科硕士学位授权点。2018年获得公共卫生与预防医学一级学科博士学位授权点。2019年获批公共卫生与预防医学博士后科研流动站。

学院每年面向全国招收公共卫生与预防医学研究生150名左右。迄今已招收培养研究生824名（其中硕士研究生783名、博士研究生41名），目前在校硕士研究生273名、博士研究生26名。